Om politic si general roman de renume, Pompei a fost initial aliatul (chiar ginerele!) apoi inamicul lui Cezar. Exponent al intereselor marilor proprietari, el nu privea cu ochi buni popularitatea lui Cezar in rândul maselor. Iar când acesta, sfidând traditia ce interzicea unui general sa ajunga cu armata lui pe pamânt italic, a trecut Rubiconul indreptându-se spre Roma, Pompei s-a autoproclamat exponent al legalitatii si i-a declarat razboi. Inaintarea vijelioasa a legiunilor lui Cezar l-a determinat insa pe Pompei sa se retraga spre sud, apoi sa traverseze Adriatica. In lupta de la Dyrrachium, el a invins fortele lui Cezar, dar nu a avut curaj sa le urmareasca, ratând astfel sansa de a zdrobi o armata mult mai mica decât a sa.
Intarite, trupele lui Cezar s-au lansat ele in urmarirea lui Pompei. Batalia decisiva s-a dat la Pharsalos, in Grecia, in 48 i.Chr. si Pompei, invins, a fost nevoit sa fuga in Egipt. Se astepta sa aiba parte de o primire favorabila, dar consilierii tânarului rege Ptolemeu XIII, intelegând ca viitorul stapân la Roma va fi Cezar, au hotarât sa nu-i vina in ajutor inamicului acestuia. Pentru a-si atrage bunavointa lui Cezar, ei au decis chiar sa-l ucida pe Pompei. Pe 28 septembrie 48 i.Chr., chiar in ziua in care implinea 58 de ani, Pompei a fost anuntat ca va fi primit la rege.
Invitat intr-o barca, spre a fi dus la palatul regal, el a ezitat, dar când a zarit la vâsle pe doi dintre fostii sai soldati, increderea i-a revenit. Urcându-se la bord, tocmai isi recitea discursul pe care avea de gând sa-l rosteasca inaintea suveranului egiptean, când cei doi soldati l-au injunghiat si apoi l-au decapitat. Capul i-a fost trimis lui Ptolemeu, trupul, dezbracat si aruncat pe tarm, unde va fi incinerat, dupa datina, de libertul lui Pompei, Philipus.